Õõnsuse suurustsüklodekstriinmolekulid võivad sobida külalismolekulidega ja hüdroksüülrühmad õõnsuse servades võivad moodustada vesiniksidemeid külalismolekulidega. Interjööri hüdrofoobne olemus võimaldab sellel kapseldada lipofiilseid molekule. Järelikult on tal võime orgaanilisi molekule ära tunda ja nendega selektiivselt suhelda. Seda on edukalt kasutatud erinevates kromatograafilistes ja elektroforeetilistes meetodites erinevate isomeeride ja enantiomeeride eraldamiseks.
Paljudel ravimitel või nende prekursoritel on vähemalt üks kiraalne tsenter ja sageli on üks enantiomeer aktiivne, teine aga mitteaktiivne või isegi mürgine. Tsüklodekstriini või tsüklodekstriini polümeeride kasutamine parandab enantiomeeride eraldamise tehnoloogiat, eriti kiraalse molekuliga modifitseeritud tsüklodekstriini puhul. Näiteks Tang Kuowen et al. ära kasutatud-tsüklodekstriinpolümeer statsionaarse faasina, polüdimetüülsiloksaan lahjendina ja gaasikromatograafia, et eraldada rea aromaatsete ühendite asendiisomeerid ja kiraalsed isomeerid. Eksperimentaalsed tulemused näitavad, et sellel tsüklodekstriinil on tugev kiraalne äratundmisvõime, mis näitab eelkõige alkeenide, ketoonide, estrite jne enantiomeeride märkimisväärset eraldusvõimet.
